謎の地球外有機生命体に寄生された少年・空木ミノルは、自身の能力“孤独”を武器に、人類の敵“ルビーアイ”にからくも勝利する。その日、ミノルは“加速者”ユミコから、“組織”へ誘われる。組織の役割とは、人間に危害を加える“ルビーアイ”能力者の撲滅。共闘を…